Po sprawdzaniu jakości posiadanych przez skoczków dokumentów, jeśli wszystko było w porządku, kierowani byli on do specjalnych punktów i lokali, najczęściej w Warszawie, gdzie, po załatwieniu spraw służbowych, stopniowo wdrażani byli do życia w warunkach okupacyjnych przechodząc tzw. aklimatyzację, trwającą od dwóch do sześciu tygodni. Zadanie to spoczywało na kobietach z referatu „Ewa-Pers” „Importu”, popularnie nazywanych „ciotkami”. Ich zadaniem było praktyczne przygotowanie (Cichociemni znali tylko teorię z kursów poza granicami Polski) skoczków do służby w okupowanym kraju.  „Ciotki” miały pełne ręce roboty, nawet jeżeli nie opiekowały się aktualnie żadnym skoczkiem. Czas pomiędzy zrzutami spędzały między innymi organizując nowe lokale, sprawdzały dawne, przygotowywały ekwipunek dla przyszłych podopiecznych. Były też w stałym kontakcie z szefem „Importu” oraz z kierowniczką komórki „Ptaszków U” Oddziału I, której stopniowo przekazywały spadochroniarzy. „Ciotki” i ich komórka miały do dyspozycji trzy rodzaje lokali: kontaktowe, zwane często londyńskimi, dla „ptaszków” (Cichociemnych) przybywających do stolicy z placówek, kwatery kwater, na których skoczkowie przechodzili aklimatyzację oraz kilka punktów kontaktowych, w których można by się spotkać lub odebrać pocztę. Lokale nie powinny wyróżniać się na tle innych, ich gospodarze byli przeważnie ludzie samotni a samo mieszkanie musiało być łatwe do odnalezienia i położone być w miejscu ruchliwym tak, aby nowa osoba nie wzbudzała ciekawości sąsiadów. Nieodzownym elementem wyposażenia lokalu był telefon, za pomocą którego informowało się przy pomocy tajnych haseł o przybyciu Cichociemnych. Takich lokali „ciotki” nazbierały przez 4 lata kilkanaście. Kierowniczka „Ewy” poznawała nowoprzybyłych „ptaszków” oraz informowała dowódcę ekipy, kto przybył (pseudonim, stopień wojskowy, rodzaj broni). Następnie skoczkowie w towarzystwie „ciotek” odprowadzani byli na kwaterę. Przed wyjściem sprawdzały czy nowoprzybyły nie ma przy sobie żadnych przedmiotów, które mogły wyjawić jego pochodzenie. Broń osobista była ukrywana w skrytkach i przechowywana do momentu usamodzielnienia się Cichociemnego. „Ciotki” wymieniały też walutę skoczków na określone sumy w walucie okupacyjnej, pomagały w uzyskiwaniu nowych kwater, w kompletowaniu bielizny, ręczników, chustek i innych przedmiotów, które były potrzebne Cichociemnym do codziennego funkcjonowania. Na kwaterze „ciotka” wraz gospodarzami pomagała stworzyć spadochroniarzom AK legendę, która obowiązywała w czasie ich pobytu w domu. Po kilku dniach pobytu Cichociemny rozpoczynał wraz z „ciotką” spacery, w czasie, których uczył się nowej rzeczywistości, okupacyjnego języka oraz przyzwyczajał do widoku patroli na ulicach. Z czasem „ciotka” odwiedzała skoczka coraz rzadziej, aż do momentu, w którym uzyskiwał pełną samodzielność i był gotowy do służby w kraju.

W zależności od posiadanych umiejętnościami i aktualnych potrze Armii Krajowej Cichociemny przydzielany był do odpowiedniej służby. Nie sposób wymienić wszystkich jej przykładów warto jednak wspomnieć o niektórych z nich. 27 Cichociemnych przydzielono do powstałego we wrześniu 1941 r. „Wachlarza”. Była to wydzielona organizacja dywersyjno-wywiadowcza Związku Walki Zbrojnej, następnie Armii Krajowej, utworzona w związku z wybuchem wojny niemiecko-radzieckiej. Celem organizacji było prowadzenie akcji dywersyjnej na szlakach aprowizacyjnych armii niemieckiej walczącej w ZSRR oraz organizowanie osłony dla planowanego na ziemiach polskich powstania powszechnego przed wycofującymi się z frontu wschodniego Niemcami  a przed podążającymi na nimi oddziałami Armii Czerwonej. Strefa działań „Wachlarza” obejmowała obszary ZSRR na wschód od przedwojennej granicy II Rzeczypospolitej, od Morza Bałtyckiego po Kijowszczyznę i Podole. Zadania jakie przyszło realizować członkom „Wachlarza” odbywały się w skrajnie trudnych warunkach. Środowisko Polaków na wschód od Bugu, bardzo przerzedzone w latach 1939 – 1941, było dodatkowo rozpracowywane i terroryzowane przez lokalne władze, zarówno niemieckie, jak i częściowo współpracujących z nimi Litwinów, Białorusinów i Ukraińców. Zmuszało to dowództwo „Wachlarza” do przerzutu kadry z Generalnego Gubernatorstwa, organizowanymi w pośpiechu kanałami przerzutowymi, która musiała ostrożnie wtapiać się w lokalne środowisko. Istotnym problemem był też olbrzymi obszar i różnorodność zadań jakie mieli wykonywać żołnierze „Wachlarza”, które w połączeniu z brakami w wyposażeniu i uzbrojeniu czyniły ich służbę jeszcze trudniejszą. Mimo tych niesprzyjających warunków żołnierze „Wachlarza” przystąpili do działań. Jako plan maksimum przewidywano zniszczenie 100 mostów na 8 głównych arteriach pozafrontowych i 2 równoległych do linii frontu. Plan minimum miał obejmować zniszczenie 45 mostów, w tym 15 mostów głównych i 30 na drogach dojazdowych do nich po obu stronach. Najwcześniej akcje rozpoczął dowódca III odcinka kpt. dr A. Paczkowski „Wania” m. in. 11 kwietnia wysadzając monitor rzeczny na Kanale Królewskim, czy też podpalając w maju transportu niemieckiej benzyny lotniczej. Od maja 1942 r. w Mińsku i okolicach działało ok. 30 żołnierzy przerzuconych z Warszawy dowodzonych przez mjr dypl. Tadeusza Sokołowskiego „Tropa”. Ich najbardziej spektakularną akcją było odcięcie Mińska, ważnego węzła kolejowego, na okres kilku dni poprzez wysadzenie torów kolejowych. Dywersanci z V odcinka, dowodzonego przez mjr Leona Poklewskiego „Bezmiana” zorganizowali kilka punktów obserwacyjnych w pobliżu mostów na pograniczu Wileńszczyzny i Łotwy. Odcinek II organizował por. Jan Piwnik „Ponury”, którego wspomagał inny cichociemny por. Jan Rogowski „Czarka”. W grudniu 1943 r. uaktywnił się Odcinek IV, dokonując serii cięć na niemieckich liniach kolejowych. Jedynie odcinek I pozostawał w stanie organizacyjnym i od końca istnienia organizacji „Wachlarz” nie odegrał większej roli w działaniach dywersyjnych na wschodzie. Wobec trudności z rozwinięciem działalności oraz coraz większych zmian na froncie wschodnim, gdzie Armia Czerwona zaczęła odnosić sukcesy militarne Komenda Głowna AK podjęła decyzję o likwidacji zarówno struktur terenowych jak i organizacyjnych „Wachlarza”. Pod koniec 1942 r. (formalny rozkaz Dowódcy Armii Krajowej gen. Stefana Roweckiego „Grota” z 22 stycznia 1943 r.), „Wachlarz” i działający od 1940 r. Związek Odwetu zostały podporządkowane Kierownictwu Dywersji – Kedywowi.

Cichociemni przeszkoleni w dywersji z pierwszych zrzutów kierowani byli także do innych organizacji potrzebujących specjalistów w tej dziedzinie. Szczególnie wielu Cichociemnych skierowano do „Związku Odwetu”, przemianowanego następnie na Kierownictwo Dywersji. Do Kedywu należało: planowanie i realizacja akcji dywersyjnych i sabotażowych, studia nad metodami i sposobami organizowania akcji dywersyjnych, sabotażowych i partyzanckich, opracowywanie oraz wydawanie wytycznych i instrukcji, szkolenie dowódców zespołów i patroli dywersyjnych oraz instruktorów technicznych, badanie i opiniowanie materiałów, sprzętu i pomysłów w zakresie akcji sabotażowo-dywersyjnej, organizowanie oddziałów partyzanckich, centralna produkcja środków walki sabotażowo-dywersyjnej (głównie granatów i zapalników). Już w początkowej fazie działań dywersyjnych 6 Cichociemnych oddelegowano do „Związku Odwetu”. Przydział do Kedywu otrzymało także kolejnych 113 skoczków (z czego 20 bezpośredni do oddziałów partyzanckich). Cichociemni udowodnili swoje wysokie kwalifikacje nie tylko z bronią w ale także jako doborowa kadra instruktorska dla żołnierzy AK.

Cichociemni, którzy podczas szkolenia poza granicami kraju poznali tajniki pracy wywiadowczej, jak się szybko okazało, byli szczególnie predestynowani do pełnienia funkcji organizatorów i inspektorów sieci wywiadu AK. Spadochroniarze kierowani byli przede wszystkim do Wywiadu Ofensywnego Oddziału II KG AK, na różne stanowiska dowódcze w centrali oraz w terenie. Ze względu na specyfikę swojej służby byli jednak bardzo narażeni na śmierć lub dekonspirację. Straty w 37 osobowej grupie Cichociemnych przydzielonej do pracy w wywiadzie wyniosły 15 aresztowanych i zabitych, co stanowi około 40 % całości. Fakt ten najlepiej ilustruje z jaką zajadłością tropiło ich Gestapo i Abwehra.

Trzech spadochroniarzy po skoku skierowano do służby w Wydziale Techniczno-Legalizacyjnym Oddziału I KG AK (kryptonim „Park”, „Leta”, „Izba”). Zajmował się on zaopatrywaniem w nielegalne dokumenty wszystkie komórki KG z wyjątkiem Oddziału II, dla którego pracowała komórka legalizacyjna Cichociemnego por. Stanisława Jankowskiego „Agatona”. W grudniu 1942 r. kierownictwo Wydziału objął CC kpt. Julian Kozłowski „Cichy”. Wiosną 1943 r.  „Park” wzmocnili dwaj Cichociemni: ppor. Witold Strumpf „Sud” oraz ppor. Wilhelm Pluta „Pion”.

Pierwotny plan powstania powszechnego, przed zmianą na plan „Burza”, zakładał silne wsparcie lotnicze z Zachodu, w postaci: lądowania samolotów transportowych, desantu spadochronowego oraz przebazowania do Polski bojowych jednostek lotniczych. Ogrom prac planistycznych spoczywający na barkach Wydziału Lotnictwa KG AK spowodował, że został on wsparty przez 20 Cichociemnych. Ich wysiłek nie został jednak całkowicie wykorzystany z powodu zmiany planów. Poszczególni skoczkowie wzięli później udział w Powstaniu Warszawskim lub walkach toczonych w ramach „Burzy”.

Systematycznie rozbudowywana sieć łączności Armii Krajowej, wymagała napływu odpowiednio przygotowanych technicznie fachowców – organizatorów, radiołączności oraz radiotelegrafistów. Od wiosny 1943 r. do okupowanego kraju zaczęło trafiać jak najwięcej Cichociemnych wyspecjalizowanych w łączności radiowej, jednak żądań ilościowych komendanta AK nigdy nie spełniono. Skoczkowie przydzieleni byli do podległego Oddziałowi V KG AK batalionu „Iskry”, w skład którego wchodziły kompanie radiowe „Kram”, „Orbis” i instruktorska „Omnibus”, oraz terenowych komórek radiołączności. Cichociemni pracowali na sprzęcie zrzutowym, krajowym, oraz wyprodukowanym w konspiracji. Ciągle tropieni przez niemiecki podsłuch, nie mogli czuć się do końca bezpieczni, nawet mimo osłony oddziałów partyzanckich. Aresztowano i zabito 11 Cichociemnych-radiowców, czyli ok. 25-30% z całej grupy. Przy pracy zaskoczono jedynie trzech co dobrze świadczy o ich poziomie organizacji.  Dzięki dobremu przygotowaniu wnieśli istotny wkład w sprawne funkcjonowanie sieci radiowej AK.

Cichociemni-pancerniacy przeszkoleni w obsłudze niemieckiego, zdobytego sprzętu pancernego, mieli stanowić kadrę dowódczą jednostek pancernych odtwarzanych po wybuchu powstania powszechnego. Wobec zmiany planów dowództwa ich umiejętności nie zostały do końca wykorzystane. Ponieważ często ich drugą specjalnością była dywersja, kierowano byli do Kedywu lub do lasu. Jeszcze inni wzięli udział w Powstaniu Warszawskim, między innymi najstarszy  przerzucony do kraju Cichociemny, gen. Tadeusz Kossakowski „Krystynek”.

Skoczkowie, którzy zostali odpowiednio przeszkoleni poza granicami kraju służyli także w konspiracyjnych sztabach. Przed odlotem ukończyli kursy Wyższej Szkoły Wojennej i odbyli niezbędne praktyki. Kierowano ich zgodnie z przeznaczeniem do pracy w sztabach KG AK, obszarów lub okręgów lub rejonów. Oficerowie dyplomowani byli angażowani głównie na stanowiska szefów sztabów i szefów oddziałów operacyjnych. Najwyżej postawionym oficerem sztabu wśród Cichociemnych był gen. Leopold Okulicki „Kobra2”, mianowany następcą Komendanta Głównego AK po upadku Powstania Warszawskiego.

63. dniowy bój o stolicę Polski w 1944 r. dla Cichociemnych przebywających wówczas w okolicach Warszawy i Puszczy Kampinoskiej był szczególnie ważny. W Powstaniu Warszawskim wzięła w nich prawie stu z nich, czyli ok. 1/3 zrzuconych do kraju spadochroniarzy AK. Część z nich miała w stolicy przydziały, część dopiero na nie czekała, a inni przyjechali do niej służbowo. Oprócz tego zameldowały się w Warszawie na aklimatyzacje dwie pełne dopiero, co przybyłe ekipy. Wybuch powstania zaskoczył wielu skoczków przez co nie wszyscy dostali przydziały zgodne ze swoimi kwalifikacjami wojskowymi. Doprowadziło to do tego, że w połowie sierpnia w powstaniu walczył generał z bronią w ręku na pierwszej linii, który dodatkowo nadzorował produkcję konspiracyjnych środków walki, kapitan, który zamiast dowodzić batalionem, polował na niemieckie czołgi w Alejach Ujazdowskich, czy porucznika atakujący z miotaczem płomieni bunkier sejmowy. Stopniowo spadochroniarze zostali zaangażowani w działania odpowiadające ich wyszkoleniu. Cichociemni znaleźli się w I i II rzucie Komendy Głównej, w szeregach Zgrupowania „Radosław”, walczyli na Starym Mieście, w Śródmieściu, Ochocie, Mokotowie, Żoliborzu czy też ruszyli na odsiecz walczącej stolicy w terenów Puszczy Kampinowskiej. Po kapitulacji Warszawy część skoczków dostała się do niewoli. Inni wyszli z miasta wraz z ludnością cywilną, aby dalej pracować w konspiracji aż do zakończenia wojny. Niezależnie od przydziału walczący w Powstaniu Warszawskim Cichociemni wnieśli weń swój niemały wkład.