Specyfika służby Cichociemnych wymagała wyboru ludzi ze specjalnymi predyspozycjami. Sposób rekrutacji kandydatów na spadochroniarzy AK prowadzony był przez oficerów powstałego 9 lipca Oddziału VI Specjalnego Sztabu Głównego, którego zadaniem była współpraca z krajem. Oddział traktowany był jako część Armii Krajowej a jego członkowie składali przysięgę na „Rotę” AK. Pierwszym szefem Oddziału VI był pułkownik Józef Smoleńskich. W latach 1940-44 Oddział VI rozwinął się z niewielkiej komórki liczącej 9 oficerów i 4 urzędników do stanu 53 pracowników (w tym 42 oficerów). Szkoleniem, przygotowaniem i ekspedycją kurierów zajmował się kpt. dypl. sap. Jan Jaźwiński, któremu wkrótce zaczęli pomagać rtm. Jerzy Szymański zajmujący się szkoleniem skoczków oraz por. Zygmunt Oranowski od spraw zaopatrzeniowych. Mjr. Józef Kwieciński prowadził sprawy personalne centrali, baz i kurierów. Obowiązki skarbnika pełnił ppłk. int. Franciszek Prochaska. Od kwietnia 1942 r. kiedy nowym szefem oddziału został ppłk. dypl. Protasewicz, Oddział VI zaczął rozwijać się energicznie. Podstawowymi komórkami oddziału były wydziały – specjalny (S), łączności (Ł), łączności lądowej (A), wyszkoleniowy (W), finansowy (F), personalno-organizacyjny (PO), szyfrów (Sz), operacyjny (O) oraz samodzielny referat propagandowo-informacyjny. Oddział VI dysponował strukturami terenowymi w postaci: Głównej Bazy Przerzutowej, stacjami wyczekiwania dla skoczków lecących do okupowanego kraju, komórkami organizacyjnymi kursów wyszkoleniowych dla Cichociemnych oraz bazami i placówkami łączności lądowej. Oddział VI Sztabu Głównego silnie współpracował z brytyjskim Kierownictwem Akcji Specjalnych (Special Operations Executive) powstałym 22 lipca 1940 r. SOE współpracowało z ruchem oporu we wszystkich okupowanych przez państwa Osi krajach. Jej główny cel działania oddają słowa premiera Wielkiej Brytanii Winstona Churchilla: „Nakazuję wam podpalić Europę”. Na jej czele stał Hugh Dalton – minister blokady gospodarczej. SOE posiadało 15 sekcji na terenie całej Europy. Na czele sekcji polskiej do końca wojny stał kapitan Harold Perkins, mieszkający przed wojną w Polsce. W przeciwieństwie do innych sekcji krajowych Kierownictwa Akcji Specjalnych Polacy korzystali z przywileju wyłączności, sami wyszukiwali emisariuszy, kurierów i skoczków spadochronowych oraz mieli własne szyfry i ośrodki łączności.

Od momentu powstania polskiej sekcji SOE Oddział VI rozpoczął tajne poszukiwanie ochotników, którzy mieli zostać przerzuceni do kraju. Zaciąg poprzedzony był rozkazem Naczelnego Wodza do poszczególnych dowódców aby typowali wyróżniających się żołnierzy do służby w kraju, jednak od początku był on dobrowolny i ochotniczy. W wypadku odmowy lub rezygnacji w trakcie trwania szkolenia kandydat wracał do macierzystej jednostki bez żadnych reperkusji ze strony przełożonych. Na podjęcie decyzji kandydatowi pozostawiano czas do namysłu. Zgodę musiał wyrazić na piśmie. Następnie zasięgano opinii w Oddziale Personalnym Sztabu Naczelnego Wodza oraz w kontrwywiadzie wojskowym. Ostateczny werdykt należał do Szefa Sztabu NW. Jeżeli decyzja była pozytywna kandydata wysyłano na szkolenie.

Szkolenie mimo, że początkowo nie było zorganizowany jeszcze w momencie pierwszych skoków do kraju, było ukierunkowane na potrzeby okupowanej ojczyny. Ze względu na specjalność, w jakiej zostali przeszkoleni ochotnicy, można wyodrębnić 3 grupy skoczków. Najliczniejszą grupę stanowili skoczkowie przeznaczeni do zadań bieżących. Znajdowali się w niej specjaliści wywiadu, dywersji, łączności, oficerowie sztabowi czy też specjaliści od fałszowania dokumentów. Drugą grupę stanowili spadochroniarze, którzy mieli odegrać istotną rolę w przygotowaniach do powstania powszechnego oraz w odtwarzaniu Sił Zbrojnych w Kraju. Należeli do nich lotnicy, instruktorzy oraz oficerowie sztabowi, łączności i broni pancernej, dowódcy, czy też lekarze. Ostatnią grupę stanowią kurierzy i emisariusze polityczni Ministerstwa Spraw Wewnętrznych do Delegatury Rządu oraz ugrupowań politycznych. Po zakończeniu rekrutacji żołnierzy wysyłani byli kierowani na jeden z wielu specjalistycznych kursów. Obowiązywał na nich zasada – jak najwięcej praktyki, jak najmniej teorii. Bez względu na specjalizację wszyscy Cichociemni przechodzili kurs spadochronowy i odprawowy.

Kursy dzieliły się na 4 grupy – zasadnicze, specjalnościowe, uzupełniające i związane z tworzoną przez każdego skoczka „legendą”.

Do kursów zasadniczych należały:
• kurs zaprawy dywersyjno minerskiej, strzeleckiej i fizycznej. Kładziono tutaj szczególny nacisk na zaprawę fizyczną oraz uczono strzelania z różnych pozycji, terenoznawstwa, walki wręcz, dżu-dżitsu i posługiwania się prostymi środkami minerskimi . Kandydat na Cichociemnego, który nie ukończył tego szkolenia z powodu nabytych urazów fizyczne itp., odpadał i wracał do poprzedniej służby.
• kurs badań psychotechnicznych,
• kurs spadochronowy, który obejmował zaprawę spadochronową i skoki. Przygotowanie do skoków mogło się odbywać w dwóch miejscach: w brytyjskim ośrodku spadochronowym w Ringway lub w ośrodku treningowym 1. Samodzielnej Brygady Spadochronowej w Largo House, popularnym „Małpim Gaju”. W Ringway oprócz Polaków szkolenie odbywali Czesi, Węgrzy, Jugosłowianie, Norwedzy. Szkolenie w tym miejscu trwało tydzień. Kurs w „Małpim Gaju” trwał od dwóch do nawet czterech tygodni i miało zaawansowanych charakter. Po przeszkoleniu kandydaci w zależności od okresu oddawał kilka skoków spadochronowych w Ringway.
• kurs walki konspiracyjnej, który miał na celu nauczenie organizowania i prowadzenia walki małym zespołem dywersyjno-sabotażowym. Doskonalono umiejętności minerskie i strzeleckie, wpajano zasady radiotelegrafii, szyfrów i innych pomocnych w podziemiu rzeczy. Istotną częścią były ćwiczenia praktyczne prowadzone w porozumieniu z władzami brytyjskimi. Kandydaci na Cichociemnych mieli zaplanować i skrycie przeprowadzić akcję na prawdziwym obiekcie, tyle, że ładunek był nieuzbrojony. Kurs trwał początkowo 3-4 tygodnie, następnie czas ten wydłużono do około 8 tygodni.
• kurs odprawowy miał na celu zmienienie skoczka żyjącego na wolności w konspiratora w okupowanym kraju. Początkowo stanowił serię wykładów w konspiracyjnych lokalach na terenie Londynu. W zorganizowanej formie został on zapoczątkowany w lipcu 1942 r. w Audley End. Następnie, w związku z przeładowaniem ośrodka, przeniesiono je do STS 46 mieszczącej się w pobliskim Michley koło Newport. W 1944 r. prowadzono je także w Ostuni we Włoszech. Na trwającym od 2 do 6 tygodni kursie, skoczek układał indywidualną „legendę”, czyli komplet kłamstw logicznie dopasowanych do nowej osobowości, dostawał fałszywe dokumenty, kompletował cywilne ubranie. Przez cały czas trwania kursu zaznajamiany był z warunkami życia w okupowanej Polsce.

Na kursy specjalnościowe składały się:
• polski kurs wywiadu, nazywany ze względów bezpieczeństwa Oficerskim Kursem Doskonalenia Administracji Wojskowej. Początkowo prowadzony był w Londynie, następnie przeniesiony został do Glasgow. Kurs obejmował między innymi: studium Niemiec, naukę wywiadu, fotografię, chemię do celów wywiadowczych, zajęcia „ślusarskie”, naukę o broni i strzelanie, gimnastykę, zaprawę fizyczną oraz nadobowiązkowo naukę języków obcych. Kurs trwał przeciętnie 6 miesięcy.
• kursy organizowane przez Inspektora Lotnictwa oraz lotniczy kurs specjalny w Londynie o samolotach wykorzystywanych przez Niemców.
• kursy pancerne, przeciwpancerne i kierowców. Prowadzone w Centrum Wyszkolenia Broni Pancernej i Technicznej w Catterick Camp lub od 1944 r. we Włoszech.
• radiotelegrafistów i radiomechaników szkolił na własne potrzeby Ośrodek Wyszkoleniowy Sekcji Dyspozycyjnej Sztabu NW. Kurs „The E&Sphon” prowadzony przez Anglików specjalizował się w środkach łączności ziemia-lotnik (typu Eureka i S-fon) stosowanych przy odbiorach zrzutów.

Do kursów uzupełniających należały:
• kurs wyrobu materiałów wybuchowych i środków zapalających metodami domowymi,
• angielski kurs informacyjno-wywiadowczy, który uczył znajomości kodów, szyfrów, wyrobu atramentów sympatycznych, pogłębiał znajomość pracy w podziemiu i propagandy, zaznajamiał się z niemiecką organizacją w okupowanych krajach.
• angielski kurs praktycznego użycia mikrofotografii,
• brytyjski kurs dla komandosów, który w ciągu miesiąca dostarczał wyspecjalizowanych umiejętność w dywersji i sabotażu na obiekty przemysłowe, komunikację kolejową, linie telefoniczne itp.,
• „Advanced propaganda course” czyli kurs czarnej propagandy, obejmujący teorię propagandy, drukarstwo i fotografię,
• kurs zmiany wyglądu zewnętrznego, trwający od 3 dni do tygodnia,
• tzw. „kurs korzonkowy”, polegający na bytowaniu kandydatów na Cichociemnych przez dłuższy czas na łonie natury i korzystanie tylko z jej zasobów celu przetrwania bez pomocy z zewnątrz.
Kursy związane z budową „legendy” opierały się o nabycie umiejętności i wiedzy w oparciu podczas pracy w danym zakładzie pracy,

Po ukończonym szkoleniu skoczkom wystawiano „cenzurki”, czyli opinie o Cichociemnych, które drogą radiową trafiały do Polski i były pomocne Oddziałowi I KG AK przy ustalaniu przydziałów w kraju. Po zakończeniu szkolenia i zakwalifikowaniu się do skoku Cichociemni w tajemnicy odjeżdżali na stację wyczekiwania, gdzie niecierpliwie czekali na skok do okupowanej ojczyzny. Okres na stacji wyczekiwania także wykorzystywany był do podnoszenia umiejętności i zdobywani nowych, przydatnych informacji pomocnych w przyszłej służbie. Pod koniec 1943 r. przystąpiono do uruchomienia ośrodka wyszkoleniowego we Włoszech, czyli Baza Nr 10 „Impudent”. Została ona zorganizowana w niewykończonych budynkach sanatorium w Ostuni, pomiędzy Bari a Brindisi. Szkolenie prowadzone było podobnie jak w Wielkiej Brytanii, ale z programu usunięto kursy uzupełniające. Skoki ćwiczono na lotnisku Campo Cassale w pobliskim Brindisi.

Ostatni kurs odprawowy we Włoszech zakończył się 27 lipca, a Wielkiej Brytanii 21 września 1944 r. Na kursy szkoleniowe przyjęto łącznie 2413 kandydatów. Szkolenie z pozytywnym wynikiem ukończyło 605 z nich. Do skoku skierowano 579, z których ostatecznie do kraju poleciało 316 Cichociemnych oraz 29 kurierów politycznych.